Annika Skoglunds repertoar sträcker sig från opera till jazz. Hon har medverkat i uppsättningar på bl a Kungl. Operan i Stockholm, La Fenice i Venedig, Den Norske Opera i Oslo, GöteborgsOperan, Drottningholms Slottsteater och Wexford Opera Festival – i ”Carmen”, ”Madame Butterfly”, ”La Forza del Destino”, ”Norma”, ”Figaros bröllop”, ”Il conte Ory”, ”Läderlappen”, ”Sköna Helena” m fl, liksom i nutida operor som Rodion Stjedrins ”Lolita” och Nicholas Maws ”The Rising of the Moon”.
Skoglund har framträtt med bl a Kungl Filharmonikerna, Radiosymfonikerna, American Symphony Orchestra/de Preist, Royal Liverpool Philharmonic Orchestra/David/Pesek i verk som Mahlers ”Lieder eines fahrenden Gesellen”, ”Kindertotenlieder”, Das Lied von der Erde”, ”Symfoni nr 4”, Brahms ”Altrapsodi”, Nystroems ”Sånger vid havet”, McCartneys ”Liverpool Oratorium”, Sandströms ”High Mass”. Hon samarbetar ofta med tonsättaren/dirigenten Örjan Fahlström, t ex i dennes tons av Dag Hammarskjölds ”Vägmärken”.
Bland övriga tonsättae återfinns Kurt Weill, George Gershwin, Steve Dobrogosz m fl och Skoglund var även under ett antal år vokalist i jazzgruppen ”Opposite Corner”.
För SödertäljeOperan har Annika gjort rollerna som Adalgisa i Bellinis Norma, Leonora i Verdis Ödets makt och Laura i La Gioconda.